L’ADN environnemental : une technique innovante pour l’étude de la biodiversité

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L’ADN environnemental : une technique innovante pour l’étude de la biodiversité

L’Onema accompagne le 1er programme de suivi des espèces de poissons d’eau douce en France par la technique de l’ADN environnemental.

La pêche électrique est couramment utilisée pour suivre le peuplement.

La pêche électrique est couramment utilisée pour suivre le peuplement piscicole d’un cours d’eau, mais elle montre ses limites. Les espèces rares y sont souvent sous représentées. En outre, elle nécessite des moyens importants, sans oublier l’impact sur la mortalité des poissons.

L’Onema, en partenariat avec le Laboratoire d’écologie alpine (Leca) et Irstea, lance un projet de développement de l’ADN environnemental (ADNe), une technique basée sur la détection des traces d’ADN laissées par les organismes dans l’environnement. Cette approche récente a déjà montré des résultats encourageants pour le suivi des espèces rares.

Contrairement à la pêche électrique, un seul opérateur suffit pour prélever l’échantillon de départ. Les eaux sont filtrées in situ à travers une membrane qui retient les cellules et les mitochondries libérées par les poissons. Le prélèvement est ensuite envoyé au laboratoire pour être analysé. Cette méthode pourrait permettre de réaliser des inventaires piscicoles à grande échelle, en un minimum de temps et de coût. Mais elle n’a pas vocation à remplacer la pêche électrique car elle ne permet pas de quantifier la densité des espèces, ni de mesurer la taille des individus. Dès lors que les données moléculaires seront disponibles et les protocoles d’échantillonnage au point, l’ADNe pourra fournir un inventaire de la faune et de la flore d’un cours d’eau et ainsi apporter des données précieuses pour l’évaluation de la biodiversité.

À ce jour, environ 90 espèces de poissons ont été séquencées grâce aux échantillons fournis notamment par l’Onema. La suite des recherches portera sur la détectabilité de l’ADNe et la construction d’une base exhaustive de références moléculaires des espèces.

Prélèvements d’eau pour analyse ADN

 

Contact : nicolas.poulet@onema.fr (direction de l’action scientifique et technique)

Juillet 2014
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