Les neuf délégations interrégionales :

 organisent le recueil et la valorisation des données sur l’état des milieux et des espèces ;
 apportent leur appui technique aux services de l’Etat et aux gestionnaires de l’eau, notamment en matière d’ingénierie écologique ;
 encadrent et animent aux plans technique et réglementaire l’activité de contrôle et de police exercée par les services départementaux.

Six des neuf délégations assurent des missions auprès des autorités de bassin et coordonnent les autres délégations situées dans le même bassin.

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